Üheks põhiargumendiks Linnamäe paisu avamisel ja paisjärve likvideerimisel keskkonnaaspektist lähtudes on Keskkonnaministeerium ja Keskkonnaamet koos kalateadlastega esitanud vajaduse lõhe, meriforelli, siia ja jõesilmu kude- ja elupaikade taastamise. Hinnanguliselt tõuseks merre laskuvate lõhede arv ca 8500-12 000 (või isegi 20 000) isendini aastas. Ajalooallikad võimaldavad hinnata kunagist lõhesaaki Jägala jõest ja selle suudmealast ja Soome lahe eestipoolse kalda jõgedest ajal, mil Linnamäe hüdroelektrijaama paisu ja paisjärve veel polnud, st. 17. sajandi keskpaigas. 1643.a. seisuga oli Jägala jõe suudmealal alaliste püünistena vähemalt üks lõhetõke ja kaks lõherüsa, mis Kolga mõisa omanik Jakob De la Gardie oli riigilt ära ostnud. Kui võtame aluseks, et noorlõhest saab suguküpseks 10 protsenti, ja lõhe keskmiseks kaaluks selles eas ca 10 kg, siis saame Jägala jõe lõhe kude- ja elupaikade taastamise näol teoreetiliselt juurde üldse kokku ca vähemalt 8-12 tonni lõhet aastas. Vaatame teiste Soome lahte suubuvate lõhejõgede ääres asuvate mõisate saake 17. sajandil st ajal, mil jõed ei olnud veel hüdroelektrijaamade paisudest tõkestatud, ja võrdleme neid Jägala jõe piirkonna saagikuse ja tänase saagikuse ja EL kehtestatud lõhepüügikvoodiga Eestile.
Purtse mõisas saadi 1652.a. soolata 19 ¾ tündrit (ca 2,5 tonni Tallinna tündri mahus) lõhet, 1659.a. saadi kokku 101 lõhet, mille ekvivalendiks peaks olema umbes 800 kg lõhet, 1661.a. aga saadi koguni 230 lõhet (umbes 2 tonni), 1668.a. 139 suurt (umbes 1,3 tonni) ja 160 väikest lõhet( ilmselt koos meriforelliga, ca. 800 kg), ent 1671.a. lõhevaesel ajal ka vaid 18 suurt ja 96 väikest lõhet. . Veetase lõhejõgedes oli kõikuv ka üle 300 a. tagasi(sügisvihmade puudumine), mis mõjutas omakorda ka lõhede tõusuvõimalust jõkke. Võrdluseks meie lähema kaasajaga, kus toimus juba ka lõhepüük merel ja täiustatud püügivahenditega, saadi veel 1929.a. Purtse jõest ja jõesuu ümbrusest 523 lõhet.
Eespool mainitud Kolga mõisas olid 16. sajandi lõpus kalatõkked Pudisoos, Loksal ja Vihasool, seega Pudisoo, Loobu ja ja Valgejõe jõgedel. 1586/87.a. saadi mõisas soolata 7 ½ tündrit lõhet( umbes 900 kg), ent 1666.a.saadi seevastu juba 490 lõhet (umbes 4 tonni).
Pudisoo, Loobu ja Valgejõgi on morfomeetriliselt võrreldes Jägala jõega suhteliselt väikesed jõed ja seetõttu ei saanudki nad rohkem saaki anda. Nende jõgede taastootlikkus on olnud ja on küllalt madal. Tuleb arvata, et tugev juurdekasv lõhesaagis tulenes nimelt eespool mainitud Kolga mõisa omanik De la Gardie poolt 1643.a. omandatud lõhepüügiõiguse ja vahendite arvel Jägala jõel, sest muid sellise vooluhulgaga suuremaid jõgesid või kalapüügiõigusi mõnel sellisel mõisal polnud.
Esitatud andmed annavad alust väita, et:
Jägala jõe potentsiaal lõhejõena on väga suur.
Kalateadlaste pakutud merre laskuvate noorlõhede suurusjärk koelmu- ja elupaikade taastamisel Jägala jões on ajalooliselt õigustatud ja ilmselt alumine piir (8500 laskujat) isegi liiga tagasihoidlikult hinnatud.
Väärtuslikumatest liikidest püüti veel ka jõesilmu. Purtse mõisast saadi 1672.a. kokku 2200 jõesilmu(op.cit), Kolga mõisas 1666.a. 1500 jõesilmu.
Võrdleme andmeid tänapäevaste lõhesaakide ja EL poolt kehtestatud lõhepüügikvoodiga.
Kalateadlase M. Kesleri andmeil on lõhesaak Eestis aastail 2000-2016 langenud poole võrra, st. ca. 20 tonnilt 10 tonnile. Harjumaal on lõhesaak olnud stabiilselt püsiv 2-4 tonni piires. EL poolt Eesti Soome lahe püügiregiooni kohta kehtestatud lõhekvoot on selle aja jooksul langenud 8370-lt isendilt aastal 2000 vaid 1344 isendini aastal 2016, ja aastaks 2017 oli see 1075 isendit. Sama ajal ei ole olnud võimalust isegi pakutud kvooti täis püüda, sest aastal 2000 püüti Soome lahest vaid 2823 isendit Soome lahe rannikumerest ja 66 isendit avamerest. Seejärel on kvooti vähendatud reaaloludele vastavamaks, ja aastal 2016 püüti rannikumerest endiselt enam-vähem standardkogusena 1629 isendit ja avamerest ei siis ega kümme aastat varem mitte ühtegi isendit. Käesoleva aasta lõhekvoot on vaid 995 isendit.
Seega- arvesse võttes saagikust Jägala jõest enne paisu, võiks Jägala jõe praegu Linnamäe paisu alla maetud lõhe kude – ja noorjärkude sigimis- ja elupaikade taastamise juhul lõhe tagasisaak Soome lahes, resp. Harjumaal olla poole suurem praegu püütavast kogusest, ja kaks korda suurem praegu Soome lahele kehtestatud ja suurem kogu Eestile kehtestatud lõhekvoodist.
Kokkuvõttes saame järeldada, et seisukoht – et keskkonnahuvid Linnamäe paisu puhul ei kaalu üles majanduslikke ja sotsiaalseid huvisid - ei ole adekvaatne.
